医保基金结算是医保支付管理的基础，对落实各项医保改革政策、推动三医协同发展和治理具有重要意义。北京市优质医疗资源集中，定点医药机构5600余家，日均医保结算量160万笔左右。北京市医保部门创新结算方式，优化结算流程，分类实行“按月预拨”和“据实结算”两种方式，确保医保基金应付尽付，赋能医药机构发展。
为保障医疗机构健康平稳运营，北京市对医保基金发生规模较大的医疗机构实行总额预付管理，医保基金按月预拨，每月提前将基金拨付给医疗机构，缓解医院资金垫付压力。每月预付金额与各月患者就诊量挂钩，例如受春节等传统节日影响，1月、2月患者就诊数量少，按全年预付总额的7%比例预付；年末患者就诊量大，11月、12月按11%比例预付；其他月份按8%比例预付。目前，实行“按月预拨”的医疗机构约600余家，基金支出约占全市基金总额的90%。
北京协和医院医保处朱卫国处长表示，北京按月预拨已经实行多年，解决了很多医院运营的账期压力问题，源源不断的医保基金是医疗机构正常运行的重要保障。
对于非总额预付管理的定点医疗机构和定点零售药店，北京市实行据实结算，在医药机构提供医药服务后，根据实际发生的费用随时向医保部门申报，医保部门即时结算医保基金。依托国家医保信息平台的数据实时传输和处理，有效缩短了结算周期，确保医保基金能够快速、准确拨付给定点医药机构，为医药机构提供了稳定的资金来源，保障其正常运转。目前，非总额预付的医药机构从费用申报到医保基金拨付，全市平均时限为6.74天，最短时限为1.35天。
北京市海淀区中关村社区卫生服务中心医保办田华主任表示，社区卫生服务站发生的医药费用，从申报到收到医保基金报销款项大概5天，大大缓解了门诊实时结算后垫付资金的压力，也保障了日常工作的运行。
在加快医保基金拨付的同时，北京市始终把维护医保基金安全作为医疗保障的首要任务，依托国家医保信息平台“医疗保障智能监管”模块，深入挖掘高效使用海量医保审核数据，结合医保相关政策、临床诊疗规范和日常审核经验，逐步梳理出北京市医疗保障基金智能审核规则库，构建起“智能审核与人工抽查相结合”的日常审核体系。对于医药机构申报的医药费用通过智能审核的方式进行系统自动审核；同时，医保经办机构从多个维度对医药机构的费用进行抽查，大大提高了审核效率。
未来，北京市将继续按照国家医保局统一部署，创新医保基金结算支付模式，加快资金周转，赋能医疗医药，维护医院、药店和企业权益，提升医保基金使用绩效，更好保障人民群众多元化健康需求。
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